С 2016 года компании на упрощенке, которые выставляют счета-фактуры с НДС, не будут включать этот налог в доходы. О новом порядке напоминает Минфин России в своем письме от 21 августа 2015 г. № 03-11-11/48495.
Если организация на упрощенной системе выставит счет-фактуру с выделенной суммой НДС, ее нужно перечислить в бюджет. Сейчас эта сумма включается в доходы, облагаемые налогом по упрощенке. Но с 1 января 2016 года начнет действовать правило о том, что суммы налогов, предъявленных покупателям, доходом не являются. Такие поправки внес Федеральный закон от 6 апреля 2015 г. № 84-ФЗ. В то же время перечисленный НДС компании с объектом «доходы минус расходы» не вправе будут признавать расходом (подп. 22 п. 1 ст. 346.16 НК РФ в новой редакции). В настоящее время этот момент является спорным.